Dicat merah, kata “VON” adalah semua yang tersisa setelah serangan teroris di fasilitas nuklir di Jepang. Pemerintah hancur karena ketidakmampuan mereka untuk bertindak, dan polisi dengan panik mencari cara untuk menindak para pelaku. Masyarakat tidak tahu apa-apa—sampai, enam bulan kemudian, sebuah video aneh muncul di internet. Di dalamnya, dua remaja laki-laki yang menyebut diri mereka hanya sebagai “Sphinx” secara langsung menantang polisi, mengancam akan menyebabkan kehancuran dan kekacauan di seluruh Tokyo. Tidak mampu menghentikan kepanikan massal yang dengan cepat menyebar di seluruh kota dan putus asa mencari petunjuk dalam penyelidikan mereka, polisi berjuang untuk bertindak efektif melawan para teroris ini, dengan Detektif Kenjirou Shibazaki terjebak di tengah-tengahnya.
Zankyou no Terror menceritakan kisah Nine dan Twelve, dua anak laki-laki di balik sosok bertopeng Sphinx. Mereka seharusnya tidak ada, namun mereka berdiri tegak di dunia penipuan dan rahasia sementara mereka membuat kota di sekitar mereka runtuh, semua dengan harapan mengubur kebenaran tragis mereka sendiri.