Kehidupan kembali di kapal pesiar setelah Ujian Khusus Pulau sama sekali tidak berjalan mulus. Segera setelah kembali, siswa kelas satu Sekolah Menengah Atas Metropolitan Tokyo menghadapi ujian khusus lainnya, dengan poin kelas dan individu yang dipertaruhkan.
Selain aturan yang rumit, masalah lain muncul dalam bentuk Kakeru Ryuuen dan Kei Karuizawa. Marah dengan hasil tes sebelumnya, Ryuuen bertekad untuk mengungguli setiap kelas dalam tantangan baru dengan segala cara. Sementara itu, Karuizawa, pilar penting Kelas D, hampir runtuh di bawah tekanan masa lalunya.
Panggung kini disiapkan bagi Kiyotaka Ayanokouji untuk sekali lagi—menggunakan perencanaan, pandangan ke depan, dan manipulasi kejamnya secara penuh—mengarahkan Kelas D menuju kemenangan sementara kekuatan musuh yang berbahaya berusaha menjatuhkannya.
