Dua tahun telah berlalu sejak serangan CCG di Anteiku. Meskipun atmosfer di Tokyo telah berubah drastis karena meningkatnya pengaruh CCG, para ghoul terus menimbulkan masalah karena mereka mulai berhati-hati, terutama organisasi teroris Aogiri Tree, yang menyadari meningkatnya ancaman CCG terhadap keberadaan mereka.
Pembentukan tim khusus, yang dikenal sebagai Quinx Squad, dapat memberikan CCG dorongan yang mereka butuhkan untuk membasmi penduduk Tokyo yang tidak diinginkan. Sebagai manusia yang telah menjalani operasi untuk memanfaatkan kemampuan khusus ghoul, mereka berpartisipasi dalam operasi untuk membasmi makhluk berbahaya tersebut. Pemimpin kelompok ini, Haise Sasaki, adalah seorang setengah ghoul, setengah manusia yang telah dilatih oleh investigator kelas khusus ternama, Kishou Arima. Namun, ada lebih banyak hal dalam diri pemuda ini daripada yang terlihat, ketika ingatan tak dikenal mencakar pikirannya, perlahan mengingatkannya pada dirinya yang dulu.
