Soul Translator adalah antarmuka canggih yang dapat digunakan sepenuhnya dan menyeluruh yang berinteraksi dengan Fluctlight pengguna—padanan teknologi jiwa manusia—dan secara fundamental berbeda dari metode ortodoks pengiriman sinyal ke otak. Lembaga swasta Rath bertujuan untuk menyempurnakan kreasi mereka dengan meminta bantuan penyintas Sword Art Online, Kazuto Kirigaya. Ia bekerja di sana sebagai karyawan paruh waktu untuk menguji kemampuan sistem di Dunia Bawah: dunia fantasi yang dihasilkan oleh Soul Translator. Sesuai kontrak kerahasiaan, semua ingatan yang diciptakan oleh mesin di dunia virtual akan dihapus setelah kembali ke dunia nyata. Kazuto hanya dapat mengingat samar-samar satu nama, Alice, yang menimbulkan rasa tidak nyaman ketika disebutkan di dunia nyata.
Ketika Kazuto mengantar Asuna Yuuki pulang suatu malam, mereka bertemu dengan musuh yang familiar. Kazuto terluka parah dalam pertarungan berikutnya dan kehilangan kesadaran. Ketika ia siuman, ia menyadari bahwa ia telah terjun sepenuhnya ke Dunia Bawah tanpa jalan keluar. Ia pun memulai sebuah pencarian, mencari jalan kembali ke dunia fisik sekali lagi.
