Pianis klasik introvert dan siswa berprestasi, Kaoru Nishimi, baru saja tiba di Kyushu untuk tahun pertama SMA-nya. Karena terus berpindah-pindah sejak kecil, ia pun menyerah dan mempersiapkan diri untuk tahun ajaran yang sepi dan tak berarti. Hingga akhirnya ia bertemu dengan Sentarou Kawabuchi, si berandalan yang terkenal nakal.
Kecintaan Sentarou yang tak terukur terhadap musik jazz menginspirasi Kaoru untuk mempelajari lebih lanjut tentang genre tersebut, dan sebagai hasilnya, ia perlahan mulai keluar dari zona nyamannya, menjalin pertemanan pertamanya. Kaoru mulai bermain piano di sesi jazz sepulang sekolah, yang berlokasi di ruang bawah tanah toko kaset milik keluarga milik Ritsuko Mukae, teman sekelasnya. Saat ia menemukan kegembiraan luar biasa dalam menggunakan bakat musiknya untuk membawa kegembiraan bagi dirinya sendiri dan orang lain, musim panas Kaoru mungkin akan mencapai puncaknya menjadi musim panas yang akan ia ingat selamanya.
Sakamichi no Apollon adalah kisah mengharukan tentang persahabatan, musik, dan cinta yang mengikuti tiga individu unik yang disatukan oleh apresiasi mereka yang sama terhadap jazz.
