Setelah menjalani hari-hari damai di dojo Kamiya, Kenshin Himura menemukan dirinya di persimpangan jalan yang penting, karena sumpahnya untuk tidak pernah mengakhiri hidup diuji akhir.
Setelah pembunuhan mantan komandannya, dia sekarang harus menelusuri kembali jalan kekerasan dan darah untuk menjatuhkan Makoto Shishio—si ajaib pembunuh bayaran yang menyebut dirinya sebagai penerus Battousai' yang terkenal. Dengan ambisi untuk menggulingkan pemerintahan Meiji dan membangun kekuasaannya di Kyoto, Shishio telah merencanakan dengan cermat selama satu dekade, membangun kekuatan militer anti-pemerintah yang tangguh. Sekarang, Shishio telah mengalihkan pandangannya untuk merekrut Aoshi Shinomori, seorang pembunuh berdarah dingin dan mantan pemimpin prajurit Grup Oniwaban yang legendaris.
Saat Kenshin melakukan perjalanan melalui sebuah desa yang ditinggalkan oleh pemerintah dan saat ini berada di bawah tangan besi antek-antek Shishio, dia bertekad untuk mencegah negara itu kembali ke dalam perang saudara. Dia bersekutu dengan mantan saingannya, Hajime Saitou, menjalin kemitraan yang rapuh dalam pertempuran melawan kekaisaran Shishio yang akan menentukan nasib Jepang.
