Setahun setelah peristiwa di Sanctuary, Subaru Natsuki berlatih keras untuk menghadapi tantangan masa depan dengan lebih baik. Hari-hari damai berakhir ketika Emilia menerima undangan pertemuan di Kota Watergate Priestella dari Anastasia Hoshin, salah satu rivalnya dalam pemilihan kerajaan. Mengingat pentingnya pertemuan itu dan potensi bahaya yang mungkin dihadapi Emilia, Subaru dan teman-temannya pun menemaninya.
Namun, saat Subaru kembali bertemu dengan rekan-rekan lama dan sahabat di Priestella, musuh-musuh baru yang tangguh pun bermunculan. Didorong oleh motivasi fanatik dan menggunakan metode kejam untuk mencapai ambisi mereka, musuh baru tersebut mengincar Emilia dan mengancam keberadaan kota tersebut. Dengan mengumpulkan sekutu-sekutunya, Subaru harus mengerahkan seluruh kemampuannya sekali lagi untuk mencegah tujuan jahat mereka menjadi kenyataan.
