Satu setengah tahun setelah peristiwa thriller psikologis fiksi ilmiah orisinal, Akane Tsunemori melanjutkan pekerjaannya sebagai inspektur—menegakkan putusan Sistem Sibyl. Bersamanya, hadir pula para penegak hukum baru dan inspektur junior Mika Shimotsuki, seorang perempuan muda yang membabi buta dan tak fleksibel setia kepada Sibyl. Saat Akane merenungkan hakikat pekerjaannya dan legitimasi putusan Sibyl, sebuah ancaman baru yang meresahkan muncul.
Seorang tokoh misterius telah menemukan cara untuk mengendalikan Koefisien Kejahatan—sebuah angka yang dihimpun dari pemindaian mental yang memungkinkan Sibyl mengukur kesehatan psikologis dan mengidentifikasi calon penjahat. Melalui cara ini, ia berhasil membunuh seorang penegak hukum, meninggalkan petunjuk samar: “WC?” yang ditulis dengan darah di dinding.
Akane dan seluruh Divisi 01 segera mendapati diri mereka memainkan permainan mematikan melawan musuh baru mereka, berhadapan langsung dengan konspirasi yang mengancam tidak hanya otoritas Sistem Sibyl, tetapi juga fondasi keyakinan Akane sendiri.