Emma, Ray, dan anak-anak yang lebih tua lainnya telah berhasil lolos dari kungkungan Grace Field House. Namun, dengan iblis-iblis yang tak kenal lelah berusaha menangkap mereka, perjuangan berat mereka untuk kebebasan baru saja dimulai.
Meskipun menjelajah ke alam liar yang berbahaya, anak-anak tetap optimis karena mereka memiliki buku-buku karya William Minerva. Tersirat di dalam buku-bukunya pesan-pesan yang merinci dunia di luar pertanian—informasi yang dapat membantu mereka bertahan hidup dengan sumber daya terbatas yang mereka miliki. Namun ketika para pengejar mereka mendekat, anak-anak segera menghadapi situasi terburuk mereka.
Di Yakusoku no Neverland Musim Kedua, anak-anak berjuang untuk bertahan hidup di dunia yang aneh dan kejam, berjuang untuk menemukan tempat perlindungan yang benar-benar dapat mereka sebut rumah.
