Joe Logan, yang tampak seperti pria biasa, menjalani kehidupan yang damai di pedesaan bersama istri dan anaknya. Namun, keluarga Logan sebenarnya telah menggunakan identitas palsu untuk melarikan diri dari masa lalu Joe sebagai ninja pembunuh yang menakutkan. Meskipun serangkaian pembunuhan besar-besaran terhadap mantan rekan-rekannya, Joe yakin bahwa kehidupan barunya aman—tetapi kebahagiaannya yang tenang segera hancur ketika keluarganya dibantai oleh anggota klan lamanya.
Ditinggalkan dalam keadaan sekarat, Joe terbangun di rumah sakit, tidak yakin bagaimana ia bisa selamat dari luka yang seharusnya membunuhnya. Detektif polisi Emma Samanda dan Mike Moriss, yang ditugaskan untuk menyelidiki kematian keluarga Logan, menyaksikan upaya lain untuk membunuh Joe. Namun, kali ini Joe sudah siap. Dengan menggunakan teknik rahasia, ia dengan mudah menghabisi musuh-musuhnya, sekaligus melepaskan identitas barunya.
Merangkul cara-cara lamanya, Joe kembali mengenakan persona lamanya, menghancurkan organisasi yang pernah ia layani atas nama balas dendam berdarah dingin. Dengan bantuan duo detektif dalam perburuannya, Joe tidak akan berhenti untuk membunuh masa lalunya dan iblis yang berasal darinya.
