Di fajar abad ke-21, sihir, yang lama dianggap sebagai cerita rakyat dan dongeng, telah menjadi teknologi yang tersistematis dan diajarkan sebagai keterampilan teknis. Di SMA Pertama, sebuah institusi untuk para penyihir, siswa dipisahkan menjadi dua kelompok berdasarkan nilai ujian masuk mereka: “Bunga,” mereka yang menerima nilai tinggi, ditugaskan ke Kursus Pertama, sementara “Rerumputan” adalah siswa cadangan yang ditugaskan ke Kursus Kedua.
Mahouka Koukou no Rettousei mengikuti kisah kakak beradik, Tatsuya dan Miyuki Shiba, yang terdaftar di SMA Pertama. Setelah mengikuti ujian, Miyuki yang luar biasa ditempatkan di Kursus Pertama, sementara Tatsuya ditempatkan di Kursus Kedua. Meskipun nilai tes praktisnya dan statusnya sebagai “Rerumputan” menunjukkan bahwa dia tidak mahir secara magis, dia memiliki pengetahuan teknis yang luar biasa, kemampuan bertarung fisik, dan teknik sihir yang unik—menjadikan Tatsuya seorang penyimpang di sekolah menengah sihir.
