Selama tiga tahun terakhir, SMP Teikou mendominasi kancah basket nasional dengan susunan pemain legendaris mereka: “Generasi Keajaiban”. Itu terdiri dari lima anak ajaib yang unggul dalam olahraga tersebut, tetapi seorang “Pemain Keenam Bayangan” bersembunyi di balik bayang-bayang dan membantu tim mendapatkan status terhormat mereka. Akhirnya, pertumbuhan dahsyat mereka membuat mereka jenuh dari olahraga yang mereka cintai dan membuat mereka berpisah di sekolah menengah.
Dalam mencari anggota baru, tim basket SMA Seirin merekrut Taiga Kagami dan Tetsuya Kuroko, dua siswa tahun pertama yang tampaknya memiliki perbedaan signifikan dalam kemampuan. Baru-baru ini kembali dari Amerika, Kagami memiliki bakat alami dan cinta tanpa henti untuk olahraga tersebut. Sementara itu, Kuroko kurang memiliki kehadiran dan tidak menunjukkan bakat atletik yang luar biasa. Namun, kemudian terungkap bahwa dia adalah Pemain Keenam Bayangan Teikou—pemain yang pernah menjadi bagian dari Generasi Keajaiban.
Kuroko ingin membuktikan kepada tim Seirin bahwa dia kuat dengan caranya sendiri. Melihat keyakinannya, Kagami membentuk kemitraan yang dinamis dengan Kuroko, yang terakhir berjanji untuk mendukung “cahaya” Kagami sebagai “bayangannya”. Bersama rekan tim Seirin yang baru, mereka bertujuan untuk menaklukkan kejuaraan Interhigh yang akan datang, tetapi kemunculan kembali mantan rekan tim Kuroko mempersulit rencana mereka.
