Digagalkan lagi oleh Naraku, Inuyasha, Kagome Higurashi, dan teman-teman mereka harus melanjutkan perburuan mereka untuk pecahan-pecahan Bola Shikon yang tersisa, agar tidak sepenuhnya terbentuk menjadi permata yang rusak di tangan Naraku. Tetapi Naraku punya rencana sendiri untuk mendapatkannya, dan akan menghancurkan siapa pun dan apa pun yang menghalangi jalannya—bahkan anak buahnya sendiri.
Bahaya terus-menerus dan tak henti-hentinya yang ditimbulkan oleh Naraku memaksa Sango dan Miroku untuk memutuskan apa yang paling penting bagi mereka—satu sama lain atau tugas mereka dalam pertempuran. Sementara itu, Inuyasha harus memutuskan apakah hatinya berada di Kikyo atau Kagome, sebelum takdir memutuskan untuknya. Di tengah perlombaan untuk menemukan pecahan-pecahan tersebut, Inuyasha dan saudaranya Sesshoumaru juga harus menyelesaikan perseteruan mereka dan bekerja sama untuk konfrontasi terakhir mereka dengan Naraku, karena ini adalah pertempuran yang harus mereka menangkan untuk menghentikan kejahatan dan kekejamannya sekali dan untuk selamanya.