Setelah mundurnya sementara Tentara Pembebasan Altana dari Distrik Kabuki, keadaan perang tampaknya membaik. Namun, saat Oniwaban, Shinsengumi, dan penduduk distrik melawan sisa-sisa tentara, penemu terhebat Edo, Gengai Hiraga, diculik. Bertanggung jawab menyebabkan penarikan musuh dengan membuat senjata mereka tidak berguna, virus nanomachine Gengai sekarang berisiko dimatikan.
Sementara itu, laser yang mampu melenyapkan sebuah planet diaktifkan di orbit Bumi di kapal induk Tentara Pembebasan. Pertempuran lain terjadi ketika Shinsuke Takasugi dan anggota Kiheitai lainnya tiba di kapal untuk menghentikan senjata itu ditembakkan. Dipaksa untuk berperang di dua фронта, Yorozuya dan sekutu mereka harus menang di kedua sisi untuk menyelamatkan Edo dan seluruh dunia.
