Setelah bergabung dengan perlawanan terhadap bakufu, Gintoki dan teman-temannya bersembunyi, bersama dengan Katsura dan pemberontak Joui-nya. Yorozuya segera didekati oleh Nobume Imai dan dua anggota Kiheitai, yang menjelaskan bahwa bajak laut Harusame telah berbalik melawan Kapten Divisi 7, Kamui, dan mantan sekutu mereka, Takasugi. Kiheitai memberi Gintoki sebuah pekerjaan: menemukan Takasugi, yang telah hilang sejak kapalnya disergap dalam serangan Harusame. Nobume juga membuat pengungkapan mengejutkan mengenai Tendoushuu, sebuah organisasi rahasia yang menarik tali dari berbagai faksi, dan pemimpin mereka, Utsuro, sosok bayangan dengan kemiripan yang aneh dengan mantan guru Gintoki.
Menumpang di pesawat luar angkasa Sakamoto, Yorozuya dan Katsura berangkat ke Rakuyou, planet asal Kagura, tempat berbagai faksi berkumpul dan ketegangan meningkat. Dendam lama, pertikaian politik, dan rencana jahat Tendoushuu akhirnya memuncak menjadi pertempuran besar dan menentukan di Rakuyou.
