Setelah vakum selama satu tahun, Shinpachi Shimura kembali ke Edo, hanya untuk menemukan kejutan yang mengejutkan: Gintoki dan Kagura, sesama anggota Yorozuya-nya, telah menjadi karakter yang sama sekali berbeda! Melarikan diri dari markas Yorozuya dalam kebingungan, Shinpachi menemukan bahwa semua penduduk Edo telah mengalami perubahan ekstrem yang mustahil, baik dalam penampilan maupun kepribadian. Yang paling tidak bisa dipercaya, kakaknya Otae telah menikah dengan kepala Shinsengumi dan penguntit tak tahu malu Isao Kondou dan sedang hamil anak pertama mereka.
Bingung, Shinpachi setuju untuk bergabung dengan Shinsengumi atas permintaan Otae dan Kondou dan menemukan transformasi yang lebih mengejutkan terjadi di dalam dan di luar jajaran organisasi. Namun, setelah menemukan bahwa Wakil Kepala Toushirou Hijikata tetap tidak berubah, Shinpachi dan sekutu Shinsengumi-nya yang tidak mungkin bersatu untuk mengembalikan kota Edo seperti yang mereka ingat.
Dengan lebih banyak lelucon kotor, parodi yang menggelitik, dan referensi yang tidak tahu malu, Gintama mengikuti tim Yorozuya melalui lebih banyak petualangan mereka di dunia Edo yang semarak dan penuh alien.
