Setelah bergabung dengan perlawanan terhadap bakufu, Gintoki dan teman-temannya bersembunyi, bersama dengan Katsura dan pemberontak Joui-nya. Yorozuya segera didekati oleh Nobume Imai dan dua anggota Kiheitai, yang menjelaskan bahwa bajak laut Harusame telah berbalik melawan Kapten Divisi ke-7 Kamui dan mantan sekutu mereka, Takasugi. Kiheitai memberikan Gintoki sebuah pekerjaan: menemukan Takasugi, yang telah menghilang sejak kapalnya disergap dalam serangan Harusame. Nobume juga membuat pengungkapan mengejutkan mengenai Tendoushuu, sebuah organisasi rahasia yang menarik tali dari berbagai faksi, dan pemimpin mereka Utsuro, sosok misterius dengan kemiripan yang luar biasa dengan mantan guru Gintoki.
Menumpang di pesawat luar angkasa Sakamoto, Yorozuya dan Katsura berangkat ke Rakuyou, planet asal Kagura, tempat berbagai faksi telah berkumpul dan ketegangan sedang meningkat. Dendam yang telah lama dipendam, pertikaian politik, dan rencana jahat Tendoushuu akhirnya memuncak menjadi pertempuran besar dan menentukan di Rakuyou.
