Setelah lima tahun menyimpan perasaan yang tak terucapkan, siswa SMA Taiju Ooki akhirnya siap untuk mengakui cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Namun, tepat ketika Taiju memulai pengakuannya, sebuah lampu hijau yang menyilaukan menghantam Bumi dan membatu umat manusia di seluruh dunia—mengubah setiap manusia menjadi batu.
Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun untuk menemukan bahwa dunia modern sama sekali tidak ada, karena alam telah berkembang selama bertahun-tahun umat manusia berdiri diam. Di antara dunia patung batu, Taiju bertemu dengan satu manusia hidup lainnya: temannya yang mencintai sains Senkuu, yang telah aktif selama beberapa bulan. Taiju mengetahui bahwa Senkuu telah mengembangkan skema besar—untuk meluncurkan kebangkitan peradaban yang lengkap dengan sains. Otak Taiju dan otak Senkuu bergabung untuk menjalin kemitraan yang tangguh, dan mereka segera menemukan metode untuk menghidupkan kembali mereka yang membatu.
Namun, rencana induk Senkuu terancam ketika ideologinya ditantang oleh mereka yang terbangun. Sementara itu, alasan pembatuan manusia masih belum diketahui.
