Anak-anak Terpilih terkejut setelah pengkhianatan Meicoomon, monster digital yang baru saja bergabung dengan kelompok mereka bersama pasangan manusianya, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi bertekad untuk mendiagnosis infeksi yang mengendalikan Meicoomon. Sementara itu, Takeru Takaishi menyadari bahwa pasangannya sendiri, Patamon, mulai menunjukkan gejala yang mengkhawatirkan yang mirip dengan Digimon yang terinfeksi lainnya, seperti Meicoomon.
Saat itu, Anak-anak Terpilih menerima pesan dari entitas misterius Homeostasis, yang memberi tahu mereka bahwa dunia mereka dalam bahaya kehancuran total—dan Dunia Digital, rumah dari Digimon, juga. Homeostasis berencana untuk memberlakukan "Reboot," yang akan mengatur ulang semua data yang membentuk Dunia Digital dan memberantas infeksi. Namun, Reboot juga akan menghapus ingatan semua Digimon, termasuk mitra Anak-anak. Bisakah Anak-anak Terpilih menghentikan Meicoomon sebelum Reboot menjadi perlu, atau apakah ini akhir dari waktu mereka bersama dengan Digimon mereka?
