Digimon yang terinfeksi—monster digital yang telah mulai bertindak dengan cara yang mengamuk dan mengalami peningkatan kekuatan yang aneh—menginvasi dunia nyata. Sementara Maki Himekawa dan Daigo Nishijima, agen dari Badan Administrasi Incorporated yang misterius, berusaha mempelajari lebih lanjut tentang penampilan yang mengganggu ini, sebagian besar Anak-anak Terpilih sibuk mempersiapkan festival musim panas Sekolah Menengah Atas Umum Tsukishima.
Mimi Tachikawa, yang baru saja kembali ke Jepang setelah tinggal di Amerika Serikat selama bertahun-tahun, berjuang untuk menemukan pijakannya di antara teman sekelasnya dan sesama Anak Terpilih. Sementara itu, dengan terjun ke studinya, Jou Kido dengan sengaja menghindari semua masalah yang berkaitan dengan Digimon, menyebabkan pasangannya Gomamon melarikan diri. Tindakan individu Mimi dan Jou menyebabkan gesekan dalam kelompok bahkan ketika ancaman Digimon yang terinfeksi masih membayangi mereka. Akankah keduanya menyelesaikan konflik pribadi mereka tepat waktu untuk membantu teman-teman mereka melawan ancaman terbaru?
