Gerbang ke Dunia Digital telah ditutup selama tiga tahun. Taichi Yagami dan teman-temannya telah pindah, dan sekarang dia berada di tahun kedua sekolah menengahnya, sudah waktunya baginya untuk tumbuh dewasa. Sementara orang lain tahu apa yang ingin mereka lakukan dengan hidup mereka, Taichi tetap tidak yakin. Sementara itu, kelompok itu menjauh lebih jauh saat mereka mengikuti jalan mereka sendiri.
Suatu hari, Digimon insectoid nakal bernama Kuwagamon terwujud dan mengganggu elektronik di seluruh kota. Taichi dengan sembrono mengejarnya dan akhirnya terpojok oleh Digimon yang menyerang. Tiba-tiba, Digivice yang masih dia bawa—perangkat digital yang melayani berbagai tujuan termasuk membantu pasangan Digimon seseorang untuk berevolusi—glows, dan Agumon muncul. Keduanya mampu mengalahkan Kuwagamon, tetapi mengapa Digimon menyeberang ke dunia ini sejak awal? Apa yang terjadi di Dunia Digital, dan bagaimana tepatnya ini melibatkan Meiko Mochizuki, siswa pindahan baru di kelas Taichi?
