Sebagai Anak-anak Terpilih dan pasangan mereka Digimon hidup bahagia bersama di dunia manusia, Taichi Yagami dan Yamato Ishida, bersama teman-teman mereka, mendedikasikan diri mereka untuk menjaga kedamaian yang diperoleh dengan susah payah ini. Meskipun disatukan oleh tanggung jawab bawaan ini, masing-masing telah mulai mengambil langkah pertama mereka menuju masa depan selain menjadi Anak Terpilih.
Namun, perjalanan baru ini terganggu oleh penampilan Menoa Bellucci, seorang profesor Amerika yang berspesialisasi dalam penelitian Digimon. Dia membawa berita tentang beberapa Anak Terpilih dari seluruh dunia yang ditemukan koma, dengan pasangan mereka Digimon tidak dapat ditemukan. Investigasi Menoa menunjukkan bahwa jenis baru Digimon berada di balik fenomena yang mengkhawatirkan: Eosmon, yang bersembunyi di dalam kedalaman internet.
Untuk berhasil dalam misi ini, tim harus berusaha melewati jarak yang semakin jauh di antara mereka dan bersatu untuk terakhir kalinya.
