Shidou Itsuka menghadapi bahaya yang lebih besar dari sebelumnya karena keterlibatannya yang berkelanjutan dengan Ratatoskr. Dia telah menyegel 10 Spirits, dan Isaac Westcott, pemimpin Deus Ex Machina Industries, akhirnya memutuskan untuk membunuh Shidou dan menjarah kekuatan Spirits' untuk dirinya sendiri.
Untuk mencapai tujuannya, Isaac menyatakan perang habis-habisan melawan Ratatoskr, memaksa organisasi untuk menghabiskan sumber dayanya untuk memastikan kelangsungan hidup Shidou. Meskipun sangat kalah jumlah dan kalah, secercah harapan ada dalam bentuk Roh Waktu, Kurumi Tokisaki. Shidou harus menyegel dan memperoleh kekuatan Kurumi untuk melakukan perjalanan ke masa lalu dan menghadapi Spirit of Origin—katalis yang memulai semuanya.
