Makoto Naegi, seorang remaja tanpa bakat luar biasa, terkejut mengetahui bahwa dia telah diterima di Hope's Peak Private Academy: sebuah sekolah elit yang mengumpulkan siswa terbaik dari berbagai bidang. Meskipun percaya penerimaannya hanya kebetulan, Naegi senang menghadiri sebuah institusi yang dikenal karena memastikan kesuksesan bagi mereka yang lulus. Bertekad, dia memasuki pintu depan akademi bergengsi.
Namun, setelah kehilangan kesadaran di dalam, Naegi terbangun di ruang kelas yang tampaknya ditinggalkan. Gagal memahami bagaimana dia sampai di sana, Naegi mulai menjelajah, dan yang mengejutkannya, menemukan teman-teman sekelasnya berkumpul di gym. Sementara semua orang mencoba mencari tahu apa yang terjadi, mereka dihadapkan oleh kepala sekolah—Monokuma, boneka beruang robot. Mainan misterius menjelaskan bahwa mahasiswa baru terjebak di dalam sekolah dengan hanya satu cara untuk melarikan diri—membunuh teman sekelas tanpa ditemukan.
Ketegangan memenuhi udara saat Naegi dan teman-teman sekelasnya menyadari bahwa mereka dihadapkan dengan dua pilihan: berpartisipasi dalam permainan pembunuhan Monokuma, atau tinggal bersama di sekolah selama sisa hidup mereka.
