Jika bukan karena kemampuannya untuk mengendalikan pikiran dan tubuh orang lain, Yuu Otosaka akan menjadi siswa sekolah menengah biasa. Meski hanya berlangsung selama lima detik setiap kali, kekuatan misterius Yuu memungkinkannya untuk menipu dan mencapai peringkat teratas di kelasnya serta masuk ke sekolah menengah bergengsi, di mana ia terus melakukan tindakan tidak jujur.
Tindakannya akhirnya dihentikan oleh Nao Tomori—presiden badan siswa yang keras kepala dari Akademi Hoshinoumi—yang dapat melihat melalui tipuan Yuu. Melalui paksaan, Nao meyakinkan Yuu untuk pindah ke Hoshinoumi dan bergabung dengan badan siswa. Akademi Hoshinoumi secara diam-diam adalah lembaga yang dibentuk untuk remaja yang memiliki kemampuan supernatural—dengan badan siswa berfungsi sebagai cara untuk menemukan mereka yang menyalahgunakan kekuatan mereka.
Dengan Yuu yang dengan enggan membantu dalam urusan badan siswa, kelompok tersebut berangkat untuk menemukan dan melindungi pengguna kemampuan baru dari bahaya. Namun, saat mereka lebih lanjut menyelidiki kemampuan tersebut, temuan mereka membawa mereka terjerat dalam urusan yang jauh lebih rumit daripada yang bisa mereka bayangkan.
