Setelah muncul sebagai pemenang dari turnamen bawah tanah yang brutal, Baki Hanma melanjutkan perjalanannya untuk mengalahkan ayahnya, Yuujirou, orang terkuat di dunia. Namun, dia tidak punya waktu untuk beristirahat ketika penyelenggara turnamen, Tokugawa Mitsunari, mengunjunginya di sekolah. Dia mengungkapkan kepada Baki bahwa lima narapidana hukuman mati yang sangat berbahaya dari seluruh dunia—semuanya ahli dalam seni bela diri—telah melarikan diri secara bersamaan dan menuju Tokyo, masing-masing ingin akhirnya mengetahui rasa kekalahan. Tokugawa memperingatkan bahwa, karena kekuatannya yang terkenal, Baki pasti akan bertemu mereka cepat atau lambat, dan dia tidak akan menjadi satu-satunya target mereka.
Mengadaptasi saga pertama dari seri manga kedua, Baki berpusat pada perang habis-habisan antara seniman bela diri terkemuka Jepang dan mereka yang berasal dari dunia bawah tanah yang gelap.
