Manusia dan iblis adalah dua sisi mata uang yang sama, seperti halnya Assiah dan Gehenna, dunia mereka masing-masing. Satu-satunya cara untuk melakukan perjalanan antar alam adalah dengan cara kerasukan, seperti dalam cerita hantu. Namun, Setan, penguasa Gehenna, tidak dapat menemukan inang yang cocok untuk dirasuki dan karena itu, tetap dipenjara di dunianya. Dalam upaya putus asa untuk menaklukkan Assiah, dia mengirim putranya sebagai gantinya, dengan maksud agar dia akhirnya tumbuh menjadi wadah yang mampu dirasuki oleh raja iblis.
Ao no Exorcist mengikuti Rin Okumura yang tampak seperti remaja biasa yang agak bermasalah—sampai suatu hari dia disergap oleh iblis. Dunianya jungkir balik ketika dia menemukan bahwa dia sebenarnya adalah putra Setan dan bahwa ayah iblisnya ingin dia kembali sehingga mereka dapat menaklukkan Assiah bersama-sama. Tidak ingin bergabung dengan raja Gehenna, Rin memutuskan untuk mulai berlatih menjadi seorang pengusir setan sehingga dia dapat berjuang untuk membela Assiah bersama saudara laki-lakinya, Yukio.
