Setelah perang antarplanet di awal abad ke-21, planet Bumi telah hancur, dengan sebagian besar ekosistemnya musnah. Karena tidak mungkin lagi menjalani kehidupan normal di planet ini, penduduknya terpaksa pindah ke planet lain di mana kehidupan, diharapkan, akan lebih nyaman.
Organisasi Perdagangan Galaksi Dalam, sebuah pemerintahan totaliter yang memengaruhi banyak planet yang baru dihuni, entah bagaimana sampai pada kesimpulan bahwa musik adalah sumber kejahatan, dan bahwa musik harus dilarang dan dimusnahkan selamanya. Grup berbakat AKB0048 segera dibentuk, berdasarkan anggota AKB48 asli yang pernah tinggal di Bumi. Meskipun musik mereka sekarang dianggap ilegal secara universal, mereka menjadikannya misi mereka untuk menghidupkan kembali musik mereka dengan melakukan perjalanan dari satu planet ke planet lain dan mengadakan konser sebanyak mungkin. Mereka harus menjalani serangkaian metode pelatihan baru untuk menjadi yang terbaik yang mereka bisa, sambil juga menghindari bahaya terus-menerus ditangkap karena musik mereka. Bergabunglah dengan bintang pop antarplanet AKB0048 saat mereka mencoba menyelamatkan dunia—dengan musik!
