Anak-anak Terpilih telah bersatu kembali dengan mitra Digimon mereka, yang tidak lagi mengingat mereka karena efek dari pengaturan ulang digital. Sementara semua orang mencoba untuk terhubung kembali dengan monster digital mereka, Sora Takenouchi menghadapi perlawanan dari Piyomon, yang dengan keras kepala menolak untuk berbicara dengannya. Tiba-tiba, serangan oleh Digimon yang bermusuhan memisahkan kelompok, menyebarkan mereka dan Digimon mereka di seluruh Dunia Digital.
Kembali ke dunia manusia, Daigo Nishijima dari Badan Administrasi Incorporated menerima peringatan bahwa entitas baru sedang mengejar "Libra," yang dia yakini sebagai alias untuk Meicoomon. Untuk beberapa alasan, Meicoomon menyimpan semua ingatannya dan oleh karena itu masih mengingat pasangannya Meiko Mochizuki, yang telah datang sendirian ke Dunia Digital untuk menemukannya. Jika mereka berharap untuk mengidentifikasi kekuatan lain apa yang telah mendorong insiden sejauh ini, Anak-anak Terpilih harus bertahan dari rintangan Dunia Digital yang diciptakan kembali dan kembali ke rumah.
