Shinichi Kudou, seorang siswa SMA dengan bakat luar biasa dalam pekerjaan detektif, terkenal karena telah memecahkan beberapa kasus yang menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua pria mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, ia tanpa sengaja menjadi saksi kegiatan ilegal yang mengganggu. Sayangnya, ia tertangkap basah, sehingga para pria itu memberinya dosis obat eksperimental yang diformulasikan oleh organisasi kriminal mereka, meninggalkannya menuju kematiannya. Namun, yang mengejutkan dirinya sendiri, Shinichi hidup untuk melihat hari lain, tetapi sekarang dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun.
Dengan sempurna mempertahankan kecerdasan aslinya, ia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk teman masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk tujuan ini, ia mengambil alias Conan Edogawa, terinspirasi oleh penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa.
Shinichi, sebagai Conan, mulai secara diam-diam memecahkan kasus-kasus senior Mouri dari balik layar dengan keterampilan detektifnya yang masih luar biasa, sambil diam-diam menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas keadaannya saat ini, berharap untuk membalikkan efek obat tersebut suatu hari nanti.
