Dua tahun telah berlalu sejak invasi Tendoshuu ke Terminal Pusat O-Edo. Sejak itu, Yorozuya telah berpisah. Meramalkan kembalinya Utsuro, Gintoki Sakata mulai meneliti jalur ley Bumi untuk mencari jejak Altana milik pria itu. Setelah bertemu dengan sisa-sisa Tendoshuu—yang terus berjuang mencari keabadian—Gintoki kembali ke Edo.
Kemudian, Shinsengumi dan Yorozuya yang telah berkumpul kembali memulai serangan di Terminal Pusat yang diduduki. Dengan Altana yang dipanen oleh reruntuhan kapal Tendoshuu dalam bahaya meledak, Yorozuya dan sekutu mereka melawan musuh mereka sementara keselamatan Edo—dan seluruh dunia—bergantung pada keseimbangan. Memenuhi keinginan guru mereka, mantan murid Shouyou Yoshida bersatu dan menghidupkan kembali masa lalu mereka untuk terakhir kalinya dalam upaya untuk menyelamatkan masa depan mereka.
