Ketika Gintoki menangkap pembajak film di sebuah премьера, dia memeriksa rekaman kamera dan mendapati dirinya terlempar ke versi Edo pasca-apokaliptik yang suram, di mana epidemi misterius yang disebut “Wabah Putih” telah menghancurkan populasi dunia. Ternyata pembajak film itu bukanlah pembajak—melainkan mesin waktu android, dan Gintoki telah terlempar lima tahun ke masa depan! Shinpachi dan Kagura, rekan Yorozuya-nya, telah berselisih dan sekarang menjadi main hakim sendiri solo yang berpengalaman dalam pertempuran dan dia sendiri telah hilang selama bertahun-tahun, menghilang tanpa jejak setelah menulis pesan aneh di jurnalnya.
Dengan menyamar seperti yang diberikan oleh mesin waktu android, Gintoki secara sembarangan menyatukan kembali tim Yorozuya untuk menyelidiki Wabah Putih, dan segera menemukan bahwa kunci untuk menyelamatkan masa depan terletak pada kegelapan masa lalunya sendiri. Bertekad untuk menghadapi musuh yang kuat, dia membuat penemuan penting—dengan sekelompok teman dan sekutu di sisinya, dia tidak harus bertarung sendirian.