Pada tahun 2035, sebuah insiden yang dikenal sebagai “The Burst” terjadi di fasilitas penelitian Jepang, melahirkan "Materi" yang berkembang pesat, melahap, dan mereplikasi diri. Menyusuri sisa-sisa bendungan dan fasilitas militer di Ngarai Kurobe, Materi yang bermusuhan itu dikepung oleh pasukan tugas yang berusaha mencegahnya mencapai lautan dan tentara bayaran yang mencari kebenaran di balik keberadaannya.
Aiko Tachibana hidup di bawah pengawasan medis konstan setelah diselamatkan dari Materi. Dia menghabiskan hari-harinya menunggu pemulihannya dengan membuat pesawat kertas. Tak lama kemudian, kehidupan sehari-harinya di sekolah terganggu oleh kedatangan siswa pindahan Yuuya Kanzaki, yang kemudian menunjukkan sejumlah inkonsistensi mengenai tubuhnya. Mengapa dia tidak pernah terluka, dan mengapa dia tiba-tiba tidak lagi membutuhkan kursi rodanya? Dia mengklaim bahwa ada lebih banyak hal tentang keberadaannya daripada yang dia yakini, dan bahwa dia sendiri memegang kunci untuk mengakhiri The Burst.
Dengan banyak faksi yang sekarang tertarik pada Aiko, dia dan Yuuya harus mengumpulkan sekutu dan memulai ziarah berbahaya ke jantung ngarai yang terinfeksi sebelum jaring dapat menutup di sekitar mereka. Untuk melarikan diri dari konspirasi yang bergerak melawan mereka, pasangan itu harus berhadapan dengan Materi — musuh yang mengalir seperti air.
