Sudah setahun sejak menghilangnya Shiro, Raja Perak; Kurou Yatogami dan Neko telah rajin mencari, namun tanpa hasil. Investigasi mereka mengarah pada pertemuan dengan anggota HOMRA, Klan Merah yang kini bubar—Rikio Kamamoto dan Anna Kushina—yang dikejar oleh Klan Hijau, yang menginginkan kekuatan Anna untuk tujuan mereka sendiri.
Kini, anggota Scepter 4 dipanggil bersama dengan Kurou dan Neko untuk menyelamatkan Anna, maskot, dan satu-satunya anggota wanita dari Klan Merah yang hancur, dari cengkeraman musuh dan semoga menemukan Shiro menggunakan kekuatan gadis muda itu. Di tengah krisis, kelompok ini terpaksa terlibat dalam perebutan kekuasaan ketika Klan Hijau mengancam untuk mengambil alih wilayah Raja Emas.
Langkah kedua dalam seri K Project, K: Missing Kings, melanjutkan kisah seorang anak laki-laki yang terjebak dalam perang psikis antara tujuh raja, dan menampilkan perjuangan masing-masing karakter setelah kehilangan Raja mereka masing-masing.
